第13話「使徒十字（クローチェディピエトロ）」
イントロダクション
舞台は総人口２３０万人弱、東京西部の大部分を占める巨大な都市。
その人口の約8割が学生ということから、『学園都市』と呼ばれていた。
学園都市の生徒達は、超能力を発言させるための特殊なカリキュラムが組まれていて、その能力によって、
『無能力』（レベル０）から『超能力』（レベル５）までの6段階で査定されていた。
主人公・上条当麻（かみじょうとうま）は、学園都市の高校生だが、その評価は落第寸前の無能力（レベル０）。
なぜなら彼の右手には、“異能の力ならなんでも打ち消す”『幻想殺し』（イマジンブレイカー）と呼ばれる能力が宿っていたからだ。夏休みに入ったばかりの日、彼の部屋に純白の修道服のシスターがいきなり空から降ってきた。
その少女はこう言った。
自分は“魔術”の世界から逃げてきた――と。
自らを『禁書目録』（インデックス）と名乗る彼女を追って、“魔術師”が現れる。“魔術師”の狙いは、
インデックスの頭の中にあるという“10万3000冊”の“魔道書”だという。
いやおうなく巻き込まれた戦いの中で、インデックスにかけられていた魔術をその右手で破壊し、
その悲しい運命から解き放つことと引き換えに、自分の記憶を失ってしまう。
あらすじ
イギリス清教からもたらされた追加報告によって、『使徒十字』の使用条件を知った上条たち。
オリアナの目的地『天文台』をどうにか特定した彼らは、土御門の「裏技」を使って、
その目的地――第二三学区の飛行場へと急行する。
彼らの前に立ちはだかるオリアナ。
彼女の罠の前に土御門が倒れ、『速記原典』を駆使した変幻自在の攻撃に上条とステイルも苦戦を強いられる。
刻一刻と暗くなっていく空。
夜になって星座が見えると、『使徒十字』が発動してしまう。
連携を無視した攻撃で、かろうじてオリアナの隙を突くことに成功する上条とステイル。
何とか形勢逆転まで持ち込もうとするも、満身創痍のオリアナは、自らの戦う理由と求める答え、そして魔法名を口にする。
双方ともに全身全霊をかけた、最後の一撃が放たれる。
キャスト
上条当麻：阿部 敦
インデックス：井口裕香
御坂美琴：佐藤利奈
神裂火織：伊藤静
ステイル＝マグヌス：谷山紀章
姫神秋沙：能登麻美子
土御門元春：勝杏里
月詠小萌：こやまきみこ
白井黒子：新井里美
アクセラレータ：岡本信彦
御坂妹：ささきのぞみ
ラストオーダー：日高里菜
風斬氷華：阿澄佳奈
シェリー＝クロムウェル：渡辺明乃
スタッフ
原作：鎌池和馬
原作イラスト・キャラクター原案：灰村キヨタカ
監督：錦織 博
アニメーションキャラクターデザイン・総作画監督
：田中雄一
シリーズ構成：赤星政尚
美術監督:黒田友範
プロップデザイン:高瀬健一
色彩設計:安藤智美
撮影監督:福世晋吾
音響監督：蝦名恭範
音響制作：デルファイサウンド
音楽：井内舞子/I’ve sound
OPテーマアーティスト：川田まみ
EDテーマアーティスト：黒崎真音
アニメーション制作：J.C.STAFF
第14話「水の都（みずのみやこ）」
あらすじ
大覇星祭最終日に行われる大抽選会・来場者ナンバーズ。
不幸の代名詞であるはずの上条は、何を間違ったか、一等賞の北イタリア五泊七日のペア旅行に当選してしまう！
そしてなぜかパスポートを持っていたインデックスとともに、上条は幸せな旅行を満喫すべく出発した。
しかし、当然のように出発前の空港でトラブルに巻き込まれ、現地に到着してからも現地ガイドに置いてけぼりを食らい、自力でホテルを目指すはめに。
その上、現地語の通訳として頼みの綱であるインデックスが行方不明になってしまう。
言葉もわからないイタリア・キオッジアの地で、ひとり放り出されてしまった上条だったが、そこに救いの女神――オルソラが現れる。
先日までイタリアに住んでいたという彼女のアパートメントに向かうことになるが……。
第15話「女王艦隊（じょうおうかんたい）」
あらすじ
突然の襲撃を受けた上条たち。
運河から現れた巨大な氷の帆船に乗り込むことになった上条とオルソラは、そこで意外な人物――アニェーゼと顔を合わせる。
氷の帆船は大規模霊装『女王艦隊』の護衛艦の一隻で、彼女は侵入者である上条たちの捜索を手伝っていたのだという。
彼女は罪人として『法の書』事件の責任をとらされ、同じ部隊のシスターたちは『女王艦隊』で使役されていたのだ。
ここから逃げたいのなら、自分の言うことを聞けと取引を持ちかけるアニェーゼ。
その取引内容とは、アニェーゼ奪還を企てるも捕まってしまったルチアとアンジェレネの確保だった。
部下を助けてほしいと懇願するアニェーゼの言葉に従い、どうにか二人の救出に成功する上条たち。
そして彼女たちから、幽閉中のアニェーゼはとある術式の発動のために命を落とすと上条は聞かされる。
第16話「刻限のロザリオ（こくげんのロザリオ）」
あらすじ
天草式に救出された上条たちは、彼らの手を借りてアニェーゼ救出に向かう。
『女王艦隊』に突入し、かつての仲間たちと戦うルチアとアンジェレネ。
一方、旗艦である『アドリア海の女王』にたどり着いた上条とインデックス、オルソラは、艦内を壊しながらアニェーゼを探す。
氷の鎧たちの攻撃を受け、ふたりとはぐれてしまった上条の前には、ローマ正教の司祭・ビアージオが現れる。
「主の恵みを拒絶する」右手を持つ上条に、嫌悪感を隠さないビアージオは、十字架を使った術式を駆使して彼を追いつめる。
一方、インデックスとオルソラはアニェーゼの囚われている中枢部へとたどり着く。
驚くアニェーゼにルチアたちの言葉を伝えるオルソラ。
しかし、そこにビアージオが現れ……。
第17話「罰ゲーム（ばつゲーム）」
あらすじ
大覇星祭でとある約束をとりつけ、ご機嫌な睡眠と素敵な夢を満喫する夜を送っている美琴。
同室の黒子は、毎夜発せられる愛すべきお姉様の甘美なる寝言に身もだえ、眠れぬ夜を送っていた。
一方、退院した一方通行（アクセラレータ）と打ち止め（ラストオーダー）は、芳川の知り合いの元に預けられることに。
特殊な力を持つふたりが案内された先は、研究機関とは程遠い、ごく普通の教員――『警備員（アンチスキル）』黄泉川愛穂の家だった。
そして、散々なイタリア旅行から帰国した上条は、土御門や青髪と他愛のないバカ話に興じてみたり、不用意な一言から吹寄にバイオレンスな一撃を食らったりと、平和な日常を過ごしていた。
そんな彼のもとに、美琴からある連絡が届く――。
第18話「検体番号（シリアルナンバー）」
あらすじ
ここはイギリス、ロンドン。
ローラとステイルが愉快な、しかし命がけのドツキ漫才を展開したり、『必要悪の教会（ネセサリウス）』の女子寮に届けられた最新鋭の全自動洗濯機を前に神裂が悪戦苦闘したり、オルソラたちが興味津々だったりしていた頃……。
日本の学園都市では、大覇星祭の罰ゲームで美琴の愛玩奴隷と化した上条が大きなため息をついていた。
美琴にはゲコ太ストラップ欲しさに携帯電話のペア契約を迫られたり、突然現れたミサカにゴーグルの捜索を手伝わされそうになったり、美琴との姉妹（？）対決に巻き込まれたり、さらにゴーグル盗難犯の打ち止め（ラストオーダー）が混乱に拍車をかけたり……。
そんな中、行方不明となった打ち止めを探すべく、一方通行（アクセラレータ）が行動を開始し――。
第19話「木原数多（けんきゅうしゃ）」
あらすじ
紆余曲折を経て、打ち止め（ラストオーダー）と再会した一方通行（アクセラレータ）。
はしゃいで転んだ彼女を手当てするべく薬局に向かった彼の前に、突然、黒づくめの集団が現れる。
『猟犬部隊（ハウンドドッグ）』――学園都市の暗部に属する者たちは、予告もなく一方通行に襲いかかる。
その中には白衣の男 ――一方通行の開発に携わった研究者、木原数多の姿があった。
『ベクトル操作』を無効化して一方通行を打ち倒した彼は、なぜか打ち止めは自分が回収すると言う。
そして逆上する一方通行に、打ち止めの存在する、本当の理由が明かされる……。
同じ時。『警備員（アンチスキル）』たちを無力化し、雨の降りしきる学園都市へと侵入してきた者がいた――。
第20話「猟犬部隊（ハウンドドッグ）」
あらすじ
絶体絶命の一方通行（アクセラレータ）の前に現れたインデックス。
場違いな乱入者に木原たちが見せた隙を逃さず、一方通行は車を奪って彼女とともに逃走する。
巻き添えを避けるべく、助力を仰いだカエル顔の医者に、打ち止めを守ることだけを優先するべきだと諭された彼は、木原たちを追いつめるべく行動を開始する。
一方、上条は助けを求めてきた打ち止め（ラストオーダー）とともに一方通行を探していた。
『猟犬部隊』に追われ、レストランに逃げ込むふたり。
その前に姿を現したのは、学園都市に侵入し、『警備員（アンチスキル）』や『猟犬部隊』を無力化した黄色い服の女性――ローマ正教『神の右席』に所属する魔術師、前方のヴェント。
彼女の容赦ない攻撃が、ターゲットである上条を襲う……。
第21話「学習装置（テスタメント）」
あらすじ
『猟犬部隊（ハウンドドッグ）』を追いつめ、次々と潰していく一方通行（アクセラレータ）。
統括理事会からの命令で打ち止め（ラストオーダー）が捕えられたことを突き止めた彼は、学園都市を敵に回す覚悟をする。
彼女を救うために手段は選ばない。
一方通行は再び「闇」へと踏み込む……。
一方、はぐれてしまった打ち止めを探す上条の前にヴェントが姿を現す。
再び激しい戦いが始まるかと思われたその時、あるものを感じ取ったヴェントはその場を離れ、その原因を叩こうとする。
虚数学区・五行機関の展開。
ヴェントの魔術を封じるため、アレイスターがミサカネットワークを操ったのだ。
莫大な閃光が放たれたそこからは無数の翼が広がり、巨大な『天使』の姿が出現する……。
第22話「天罰術式（てんばつじゅつしき）」
あらすじ
打ち止め（ラストオーダー）を救うため、『ベクトル操作』の通じない相手――木原との絶望的な戦いに挑む一方通行（アクセラレータ）。
チョーカーの電池切れで能力はおろか、まともに立つことすらできないはずの彼は、それでも木原に食らいつき……。
虚数学区・五行機関展開のため、犠牲にさせられた「ともだち」――風斬氷華を助けるため、『神の右席』前方のヴェントに立ちはだかる上条。
彼は、風斬自身も戦っている事実を感じ、なお拳を握りしめる。
そして、風斬を元に戻すべく、全ての知識を動員して解決を図るインデックス。
「核」のもとにたどり着いた彼女は、打ち止めも、風斬も、そして学園都市をも救おうと、己の本分たる祈りを捧げる――。
第23話「開戦前（かいせんまえ）」
あらすじ
ヴェントの襲撃に伴う騒動が解決した学園都市。
上条にもこれまで通りの日常が戻ってくる。
ご飯の支度に忙しかったり慎ましやかにお弁当の交換を楽しんだり、小萌先生の家に結標が転がり込んだり、インデックスを交えてクラス全員参加のすき焼きパーティが開催されたりと、みなが平和を謳歌しているかに見えた。
しかし世界中で学園都市に対するデモや抗議活動が活発化。
その動きに呼応して、諸勢力との戦争の危険性を感じた保護者たちは、学園都市から子どもたちを回収しようとする運動を始めていた。
上条は、自分がその中心にいる事に思い悩んでいた……。
一方、学園都市の暗部と取引をし、「闇」に己を売った一方通行（アクセラレータ）に、ひとつの命令が下される――。
第24話「武装集団（スキルアウト）」
あらすじ
世界各地で次々と起こる科学サイドへのデモや抗議活動。
学園都市への風当たりはさらに厳しいものとなっていた。
緊迫する世界情勢の中、もうひとつの『脅威』が、学園都市を襲う。
それは、酔っ払った御坂美鈴が学園都市の生徒を見つけて見境無く絡みまくる、という『無差別テロ』だった……!!
最初の犠牲者として選ばれたのは、不幸にも美鈴の顔に既視感を覚えた学園都市最強の能力者だった。
その後も被害は拡大を続け、罪のないタクシー運転手の次に標的となった上条当麻は、
酒臭い吐息だけでなく、インデックスの怒りを一身に浴びることに。
そして、辛くも逃げおおせた最初の犠牲者――
一方通行のもとに、学園都市の『上』から、とある情報がもたらされる。おふざけモードもここで終了。
命の危機に直面した御坂美鈴を巡る戦いが、今、始まろうとしていた――。
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