第1話「8月31日（さいごのひ）」
イントロダクション
舞台は総人口２３０万人弱、東京西部の大部分を占める巨大な都市。
その人口の約8割が学生ということから、『学園都市』と呼ばれていた。
学園都市の生徒達は、超能力を発言させるための特殊なカリキュラムが組まれていて、その能力によって、
『無能力』（レベル０）から『超能力』（レベル５）までの6段階で査定されていた。
主人公・上条当麻（かみじょうとうま）は、学園都市の高校生だが、その評価は落第寸前の無能力（レベル０）。
なぜなら彼の右手には、“異能の力ならなんでも打ち消す”『幻想殺し』（イマジンブレイカー）と呼ばれる能力が宿っていたからだ。夏休みに入ったばかりの日、彼の部屋に純白の修道服のシスターがいきなり空から降ってきた。
その少女はこう言った。
自分は“魔術”の世界から逃げてきた――と。
自らを『禁書目録』（インデックス）と名乗る彼女を追って、“魔術師”が現れる。“魔術師”の狙いは、
インデックスの頭の中にあるという“10万3000冊”の“魔道書”だという。
いやおうなく巻き込まれた戦いの中で、インデックスにかけられていた魔術をその右手で破壊し、
その悲しい運命から解き放つことと引き換えに、自分の記憶を失ってしまう。
あらすじ
夏休みも終わりに近づいた頃。
美琴との疑似デートに連れ回されたり、そのついでにアステカの魔術師と戦うハメになったりと、上条の日常は相変わらずにぎやかで忙しかった。
当然、山積していた夏休みの課題はまったく手つかず。
学生寮の彼の部屋ではインデックスが『超機動少女カナミン』を垂れ流し、スフィンクスがぐったりしている。
まったく先の見えない状況の中、上条の孤独な戦いは続いていた。
上条が夏休みの宿題に追われていた頃。
学園都市近くの海中から、テトラポッドの上に上陸する者たちの姿があった。
金属鎧で全身を包んだ彼ら――イギリス清教の騎士たちの背後で、突然響く鍔鳴りの音。
振り返る彼らの目の前に、七天七刀を手にした『聖人』神裂火織が立ちふさがり……。
キャスト
上条当麻：阿部 敦
インデックス：井口裕香
御坂美琴：佐藤利奈
神裂火織：伊藤静
ステイル＝マグヌス：谷山紀章
姫神秋沙：能登麻美子
土御門元春：勝杏里
月詠小萌：こやまきみこ
白井黒子：新井里美
アクセラレータ：岡本信彦
御坂妹：ささきのぞみ
ラストオーダー：日高里菜
風斬氷華：阿澄佳奈
シェリー＝クロムウェル：渡辺明乃
スタッフ
原作：鎌池和馬
原作イラスト・キャラクター原案：灰村キヨタカ
監督：錦織 博
アニメーションキャラクターデザイン・総作画監督
：田中雄一
シリーズ構成：赤星政尚
美術監督:黒田友範
プロップデザイン:高瀬健一
色彩設計:安藤智美
撮影監督:福世晋吾
音響監督：蝦名恭範
音響制作：デルファイサウンド
音楽：井内舞子/I’ve sound
OPテーマアーティスト：川田まみ
EDテーマアーティスト：黒崎真音
アニメーション制作：J.C.STAFF
第2話「法の書（ほうのしょ）」
あらすじ
暗号で書かれた魔道書『法の書』と、それを解読できる修道女が、天草式十字凄教によって拉致される。
元・天草式の教皇（プリエステス）である神裂と連絡が取れない事態に、魔道書の持ち主であるローマ正教との衝突を危惧するイギリス清教。
ことが起こる前に事件を解決するため、学園都市にステイルを派遣する。
一方、秋のイベント攻勢に向けて盛り上がる学園都市。
各学校では、最初に開催される能力使用全面解禁の学校対抗運動会――大覇星祭に向けて、着々と準備が行われていた。
そんな折、上条の元にインデックスがさらわれたという知らせが舞い込む。
犯人の要求通り、学園都市の外にある廃劇場にひとりで向かった上条は、バス停でおっとりしたシスターさんと出会い……。
第3話「天草式（あまくさしき）」
あらすじ
天草式十字凄教により、上条たちの目の前で再びさらわれてしまったオルソラ。
上条はステイル、ローマ正教のアニェーゼたちとともに、彼女を救うべく、天草式の潜むパラレルスウィーツパークへと向かう。
彼らが特殊な移動法『縮図巡礼』の力で逃げおおせる前に、オルソラを確保するか、天草式を制圧しなくてはならない。
主力であるアニェーゼたちに陽動を任せ、上条とステイルはオルソラの確保に向かう。
武器を手にした天草式の少年少女たちが襲い来る中、またもステイルにオトリにされる上条。
なんとか逃げおおせて物影に隠れようとした彼は、ガムテープで自由を奪われたオルソラと遭遇、彼女を助けることに成功する。
しかし、彼らの前に傷だらけのステイルの姿が……。
第4話「魔滅の声（シェオールフィア）」
あらすじ
オルソラの保護に成功した上条たち。
しかし、天草式十字凄教教皇代理の建宮は、彼女をローマ正教に渡してはいけないという。
『法の書』の解読ができるオルソラは秘密裏に殺される。
直前にローマ正教のシスターたちに攻撃を受けていた上条は、彼の言葉を信じるが、ステイルにローマ正教内の事件に介入はできないと諭される。
ひとりオルソラと仲間を救出に向かう建宮を前に、自分の無力をかみしめる上条。
どうしたらよかったのかと自問し、どうしてもあきらめきれない上条は、ひとり「オルソラ教会」へと向かう。
そして、アニェーゼをはじめとする大勢のシスターたちを前に、オルソラを救うと宣言する。
そこにステイル、建宮と天草式の面々、インデックスが姿を現し、オルソラを救うべく共闘する……。
第5話「蓮の杖（ロータスワンド）」
あらすじ
インデックスの「魔滅の声（シェオールフィア）」を破り、再び攻勢に転じたローマ正教のシスターたち。
数において絶対の劣勢を強いられる上条たちは、なんとか聖堂のひとつに逃げ込むことに成功する。
逆転の策は『法の書』の解読にゆだねられるが、オルソラの知るそれはダミーの解読法だったことが判明する。
そこで、ある作戦を思いついた上条は、単身、アニェーゼの元へと向かう。
司令塔たる自分をつぶせばどうにかなると思ったら大間違いとばかりに、司教杖を構えるアニェーゼ。
彼女が杖を傷つける度に、どこからともなく襲いくる衝撃。
上条はなすすべなく打ち倒される。
ローマ正教以外の教えなど十字教の教えではないと言い放つアニェーゼに、上条は……。
第6話「残骸（レムナント）」
あらすじ
大覇星祭を間近に控え、なにかと忙しい学園都市。
常盤台中学の全体体育授業を終えた美琴とともに、ランジェリーショップでの買い物に出かけた黒子。
しかし初春から強盗事件の一報を受け、渋々「風紀委員（ジャッジメント）」支部に急行する。
監視カメラの映像には、キャリーケースを奪い合う男たちの姿を映されていた。
しかもケースは第二三学区のエンブレム付きで、宇宙線対策が施された特殊なものと判明。
学園都市外部の人間らしき彼らと接触・制圧し、難なくケースを奪い返した黒子……だったが、突如その現場で謎の少女に襲われ、再びケースを奪われてしまう。
『空間移動（テレポート）』系能力『座標移動（ムーブポイント）』を持つその少女は、なぜか黒子の所属と名前を知っており、さらに美琴の名まで口にして……。
第7話「座標移動（ムーブポイント）」
あらすじ
『座標移動（ムーブポイント）』の能力を持つ少女・結標と対峙する美琴の姿を見、その言葉を聞いてしまった黒子。
美琴の世界を守るべく、逃亡する結漂を追いつめ、戦うことを決意する。
一瞬の攻防が勝敗を決する『空間移動（テレポート）』能力者同士の戦い。
一手先を取られ、身動きの取れない黒子に、結標は自分たちの計画を語り始める。
外部組織『科学結社』と結託し、『樹形図の設計者（ツリーダイアグラム）』を復元を目論んでいるというその計画に、同じ高レベル能力者として黒子を誘う結標。
しかし、敬愛する美琴の心を踏みにじったとある計画の再来、それだけは絶対に容認できない黒子は、誘いを拒否し、最後の抵抗を試みる。
一方、結標たちの動きをつかんだ『妹達（シスターズ）』もまた、計画阻止のために動き出す。
とある二人の少年は、その求めに応じて立ち上がり……。
第8話「大覇星祭（だいはせいさい）」
あらすじ
学園都市すべての学校が参加する大規模運動会「大覇星祭」。
学園都市が一般開放される数少ないイベントとあって、開会式前から大盛況。
いつものように美琴に絡まれた上条は、「負けたら何でも言うことを聞く」という条件で大覇星祭の結果で勝負をすることに。
しかし、第一競技・棒倒しに備えるクラスのもとに戻った上条を待っていたのは、まったく大会にやる気のないクラスメイトの姿だった。
美琴との勝負に早くも赤信号と思われたその時、体育館裏手で、対戦相手の学校教師からバカにされる小萌先生が。彼女の儚げな姿を見て、心技体全てが一致団結した上条のクラス全員は殺気を放ちながら相手チームへ突進する。
一方、そんな楽しげな賑わいに隠れて、学園都市にローマ正教に雇われた運び屋が侵入していた。
第9話「追跡封じ（ルートディスターブ）」
あらすじ
聖人を一撃で葬る霊装『刺突杭剣（スタブソード）』が学園都市に持ち込まれたと土御門らに聞かされ、大覇星祭の真っ最中に捜索を協力することになった上条。
偶然にも、事件の張本人である運び屋・オリアナ＝トムソンと接触した上条は、土御門、ステイルと合流して尾行を続けるが、彼女の仕掛けた罠が待ち受けていた。
上条の右手で何とかやり過ごしたものの、オリアナに逃亡の時間を与えてしまう。
土御門はステイルの協力を得て、オリアナの位置を特定するための魔術を展開するが、それすらも見越して仕掛けられた彼女の罠が発動、ステイルが傷を負うことに。
土御門はオリアナの仕掛けた罠そのものを潰すため、さらなる魔術を行う。
しかしそれは、罠の場所が特定できるまで、ステイルが苦しみ続けなければいけない残酷な方法で……。
第10話「速記原典（ショートハンド）」
あらすじ
なんとか罠を解除するも、オリアナの魔術により吹寄が倒れてしまう。
無関係の一般人すら巻き込むオリアナのやり方に激怒する上条。
ステイルのサポートを受けて、上条は土御門と共にオリアナを追いつめるが、あと一歩で無人バスに乗り込まれ、取り逃がしてしまう。
ステイルの機転で、バスを爆破するも、難なく炎をかいくぐるオリアナ。
魔道書の原典を一瞬で書き上げる『速記原典（ショートハンド）』を駆使しての戦いになだれ込む。
渦中、ケガをしていた土御門は行動不能に陥り、変幻自在の魔術の前に上条も追い詰められていく。
我が身を顧みない右手の一撃で上条に逆転を許したオリアナは、『刺突杭剣』を手放し、逃亡する。
『刺突杭剣』を上条の右手で破壊すれば、この事件は終わるかに見えたが……。
第11話「刺突抗剣（スタブソード）」
あらすじ
『刺突抗剣』の正体が『使徒十字（クローチェディピエトロ）』であると判明したことで、リドヴィアの本当の目的を知った上条たち。
この状況が明るみになり、インデックスが動くことになれば、外部の魔術師の侵入を許すことになる。
この事件を彼女に悟らせないよう、上条は、両親とインデックス、そして美琴と彼女の母親・美鈴と昼食の席を囲んだり、多分な誤解による美琴と黒子の理不尽な攻撃を受けたりしていた……。
一方、イギリス清教からの報告を受けていたステイルは、緊迫した状況下にもかかわらず小萌先生に喫煙をとがめられ、お小言を受ける羽目に。
そんな安息（？）のひとときも、土御門からの連絡で終わりを告げる。
彼のつかんだオリアナの行方をもとに、合流を試みる３人。
交通機関を巧みに使ったオリアナの逃亡に、土御門は再び探索の術式を発動する！
第12話「天文台（ベルヴェデーレ）」
あらすじ
かろうじてオリアナの襲撃を退けた土御門。
しかし、吹寄に続いて、姫神までがオリアナの手にかかり、重傷を負ってしまう。
一般人を巻き込むことも辞さない彼女たちのやり方に、強い怒りを覚える上条。
しかしそれは、オリアナにとっても想定外の事故だった。
二度と過ちを犯さぬため、『使徒十字』で学園都市を支配する――その目的を果たすべく、再び動き出すオリアナ。
一方、上条は彼女のあとを追いながら、その行動の不自然さに思い当たる。
イギリス清教の報告から『使徒十字』の使用には星座が関わっていると推測されたが、決定打に欠けるまま、上条はオリアナを追いつづける。
その頃、彼女の足跡を追っていた土御門が、あることに気付き……。
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