第13話「一方通行（アクセラレータ）」
イントロダクション
舞台は総人口２３０万人弱、東京西部の大部分を占める巨大な都市。
その人口の約８割が学生ということから、『学園都市』と呼ばれていた。
学園都市の生徒達は、超能力を発言させるための特殊なカリキュラムが組まれていて、
その能力によって、『無能力』（レベル０）から『超能力』（レベル５）までの６段階で査定されていた。
主人公・上条当麻（かみじょうとうま）は、学園都市の高校生だが、その評価は落第寸前の無能力（レベル０）。
なぜなら彼の右手には、“異能の力ならなんでも打ち消す”
『幻想殺し』（イマジンブレイカー）と呼ばれる能力が宿っていたからだ。
そして彼はこの右手のおかげで、”神のご加護”まで打ち消してしまい、常に不幸な人生を送っていた。
しかし、そんな日常に突如変化が訪れる。
夏休みに入ったばかりの日、彼の部屋に、純白の修道服のシスターがいきなり空から降ってきた。
不思議少女が空から登場という展開に「ありえねぇ……」と上条当麻はつぶやくが、その少女はこう言った。
自分は“魔術”の世界から逃げてきた――と。
そして彼女は自らを『禁書目録』（インデックス）と名乗る。
ここは“超能力”が一般（あたりまえ）として認知された、“科学”の象徴である学園都市。
どう考えても偽名な少女のオカルト発言に、上条はいぶかしむが――――、次の瞬間。
上条の前にインデックスを追ってきたという“魔術師”が現れた。
異能を打ち消す右手を持つ少年の、少女を守る戦いが今始まる……！
あらすじ
自らを犠牲にして「妹達（シスターズ）」を助けに行くという美琴は、立ちふさがる上条に容赦なく雷撃を浴びせる。
しかし上条は、決して右手を使おうとしない。美琴がなぜそこまでするのかと問いかけると、倒れた上条は意外な言葉を口にする。
実験を止めるには、「樹形図の設計者（ツリーダイアグラム）」の出した実験の大前提――「一方通行（アクセラレータ）」が最強という現実をひっくり返せばいい。
そのために、自分が戦って彼を倒す、と。ひとりで軍隊を相手にしても笑っていられるような能力者と戦って勝てるはずがないと訴える美琴だが、上条は彼女から「一方通行（アクセラレータ）」の居場所を聞きだそうとする。
そのころ、学園都市の西のはずれにある操車場では「一方通行（アクセラレータ）」
キャスト
上条当麻：阿部敦
インデックス：井口裕香
御坂美琴：佐藤利奈
神裂火織：伊藤静
ステイル＝マグヌス：谷山紀章
土御門元春：勝杏里
小萌：こやまきみこ
白井黒子：新井里美
アクセラレータ：岡本信彦
スタッフ
原作：鎌池和馬
原作イラスト：灰村キヨタカ
（電撃文庫／アスキー・メディアワークス刊）
監督：錦織 博
アニメーションキャラクターデザイン：田中雄一
シリーズ構成：赤星政尚
美術監督：廣瀬義憲
プロップデザイン：岩瀧智
色彩設計：安藤智美
撮影監督：福世晋吾
編集：西山茂
音響監督：蝦名恭範
音楽：I’ve sound
OPテーマアーティスト
：川田まみ（I’ve）「PSI-missing」
EDテーマアーティスト
：IKU「Rimless～フチナシノセカイ～」
音響制作：デルファイサウンド
制作：J.C.STAFF
第14話「最強（さいじゃく）ＶＳ最弱（さいきょう）」
あらすじ
絶体絶命のミサカのもとへと駆け付けた上条は、桁違いな「一方通行（アクセラレータ）」の強さの前に防戦一方。
しかし、反射的に突き出した上条の「右手」が、「一方通行（アクセラレータ）」の顔面に突き刺さる。
圧倒的な強さを誇る最強であったがゆえに、肉弾近接戦闘は初めてだった「一方通行（アクセラレータ）」は、その現象に面食らう。
そして、再び上条の右拳が容赦なく打ちつけられる。
形勢逆転かと思われたその時、風――空気の動きを操る「一方通行（アクセラレータ）」の反撃が上条を襲った。
そこへ忠告を無視した美琴が駆けつけるも、上条はそれを止め、来るなと叫ぶ。
そんな中、「一方通行（アクセラレータ）」の力は、風を操ることで空気中にプラズマを生み出すまでになっていた。
人類には防ぐことのできないその力への対抗策を思いついた美琴は、倒れているミサカを揺り起こす――。
第15話「御使堕し（エンゼルフォール）」
あらすじ
「一方通行（アクセラレータ）」を倒した無能力者（レベル０）として、一躍有名人となってしまった上条。
統括理事会は、混乱が収拾するまでの間、彼に一時学園都市の外に出るように命令する。
行先は海。
不法滞在者のはずがなぜか問題なく学園都市を出られたインデックスとともに、温泉旅館「わだつみ」に腰を落ち着ける上条。
しかし、小萌先生の配慮で久しぶりに会えることになっていた両親と幼なじみの従妹は、諸事情で到着が遅れていた。
翌朝、到着した父親の刀夜たち。
……だったのだが、なぜか母親の詩菜はインデックスで、従妹の乙姫は美琴の姿をしていた。
どんなたちの悪いいたずらだよ！と憤る上条だったが、どうやら、世界的に「人間の外見と中身が入れ替わってしまう」現象が起きているようだった。
そんな上条の前に、赤い外套を着た奇妙なシスターが現れる――。
第16話「父親（かみじょうとうや）」
あらすじ
上条の前に現れた赤いシスターはミーシャ＝クロイツェフ。
ロシア教会の対幽霊部隊『殲滅白書（Annihilatus）』に所属する彼女は、世界中でおこっている怪現象の大本となった大魔術『御使墜し（エンゼルフォール）』の発生源を探るべく、日本へとやってきたという。
時同じくして、『御使墜し（エンゼルフォール）』の人格入れ替えからなんとか難を逃れたイギリス清教『必要悪の教会（ネセサリウス）』のふたりの魔術師も顔を現した。
神裂と、そして、上条のクラスメイトでもある土御門。
彼は学園都市にスパイとしてもぐりこんでいた魔術師だったのだ。
儀式が必要なほどの大きな規模の魔術である『御使墜し（エンゼルフォール）』の術者を探し出すため、上条はミーシャと神裂、土御門の３人と行動を共にすることに。
しかし、他の人には違う人間に見える神裂の姿が、とある混乱を巻き起こす――。
第17話「大天使（かみのちから）」
あらすじ
大規模魔術『御使墜し（エンゼルフォール）』を止めるには、術者を倒すか、儀式場を壊すか、どちらかしかない。
いくつかの不審な行動からミーシャが術者だと予測した上条と土御門は、彼女を追って上条家へと向かう。
一足先に現地にたどり着いた二人が見たものは、刀夜が写る写真立て。
その姿は、海の家で見たものとまったく同じで……。
術の影響を受けないのは術者だけ。
慌てて旅館へと戻った上条は、海辺で刀夜と対峙する。
なぜオカルトなどに手を染めたのかと詰問する上条に、刀夜は彼の不幸を取り除くために行なった過去の出来事を語り始める。
そこに現れ、「標的」を抹消しようとするミーシャ。
そして、それを阻止しようとした神裂が、驚くべき事実を口にする――。
第18話「偽者（レプリカ）」
あらすじ
夏休みの最終日。
まったく手をつけていない宿題に悪戦苦闘する上条。
一方、いつもどおりの日常を過ごしている御坂美琴。
日課のコンビニへの立ち読みに出かけようと学生寮の玄関を出ると、ひとりの男が待ち構えていた。
海原光貴――常盤台中学の理事の息子で、最近、美琴に付きまとっている青年だった。
彼が苦手な美琴は一計を案じ、通りかかった上条を捕まえて、１日だけ恋人の振りをしてほしいと頼む。デートの様子を見せつけて自分を諦めさせようという計画だ。
しかし恋人らしい振る舞いのできなふたりは計画を途中であきらめ、美琴はお詫びに何かおごると店に入っていく。
残された上条の前に現れた海原。
しかし上条は、「もうひとりの海原」が、美琴の後を追って店に入っていく姿を目撃し……！？
第19話「打ち止め（ラストオーダー）」
あらすじ
『絶対能力進化（レベル６シフト）』計画の失敗――上条とのケンカに負けたことで、日々、不良たちの襲撃を受けるようになってしまった「一方通行（アクセラレータ）」。
立ち寄ったコンビニからの帰り道、彼の前に汚い毛布をかぶった少女が現れる。
彼女は「ミサカシスターズ」の一人。
『妹達（シスターズ）』の最終ロットとして作られた二〇〇〇一体目＝「打ち止め（ラストオーダー）」だった。「打ち止め」は、成長の途中で計画が打ち切られて困っているので、研究者とコンタクトを取ってくれないかという。
断る「一方通行」を無視して彼の家までついてきてしまう「打ち止め」。
奇妙なカップリングとなった二人がファミレスを訪れたとき、アクセラレータは、『量産化能力者（レディオノイズ）』担当研究者・天井亜雄の姿を見かける。
第20話「最終信号（ウイルス・コード）」
あらすじ
『ミサカネットワーク』を統括する個体として作られた「打ち止め（ラストオーダー）」。
彼女を引き取ってもらおうと、『絶対能力進化（レベル６シフト）』計画の担当研究者・芳川桔梗の元にやってきたアクセラレータだが、芳川は「打ち止め」の危機的状況を示唆する。
彼女の脳にとある命令が上書きされたことによって、『妹達（シスターズ）』が暴走、全世界が驚異にさらさせるというのだ。
「打ち止め」を保護するかの選択を迫られるアクセラレータ。
タイムリミットは九月一日午前〇時ちょうど。
「打ち止め」と別れたファミレスで、天井の姿を見かけていたアクセラレータは、すでに閉鎖された実験の研究所で彼を発見する。
逃げようとする天井を難なく捕え、「打ち止め」を確保するが、タイムリミットを前に、ウイルスが起動準備に入ってしまい――。
第21話「正体不明（カウンターストップ）」
あらすじ
インデックスとの出会いに始まった上条の長い夏休みは、どうにか終わりを告げた。
そして始まる新学期。上条のクラスには、小萌先生の家に居候していた姫神秋沙が転入生として現れる。
一方、留守番を任されていたインデックスは、自分の昼ごはんが用意されていないという重大な事実に気づき、上条の教室へとたどり着くが、小萌先生に追い出されてしまう。
導かれるように食堂に迷い込むが、購入方法がわからずインデックスは途方にくれるのだった。
そこにふらりと現れた少女――風斬氷華の助力により、なんとか食事を採ることに成功したインデックスは、それをきっかけとして風斬と「ともだち」になり親交を深めていく。
……そんな平和な学園都市に、魔術師の侵入が確認された。
第22話「石像（ゴーレム）」
あらすじ
放課後。上条とインデックスは、「ともだち」になった風斬とともに地下街へ。
食事をしたり『魔法少女カナミン』コスプレに着替えて撮影をしたりと、インデックスいわくの「ガッコー生活」を楽しんでいた３人だったが、風紀委員（ジャッジメント）の少女に呼び止められる。
学園都市に侵入した「テロリスト」捕獲のため、隔壁をおろして地下街を閉鎖するという。
即刻避難を命じられ、地下街を移動している途中、３人は奇妙なものを見つける。
それは壁に張り付いた眼球――ゴーレム魔術の一端だった。
その眼球から放たれた「ぶち殺す」という物騒な言動に、インデックスと風斬を逃がそうとする上条。
そんな彼らのその目の前に、美琴とその後輩・白井黒子が風紀委員として現れる。
これで避難も無事成功……と思いきや、なぜか上条を巡って美琴とインデックスの「戦い」が始まってしまい……！？
第23話「風斬氷華（トモダチ）」
あらすじ
地下街は騒乱の渦中にあった。
上条と別行動をとっていた風斬の前に、学園都市に潜入した魔術師・シェリー＝クロムウェルの放ったゴーレムが立ちはだかる。
その巨腕がまさに振り下ろされんとした時、小萌先生から彼女の秘密を聞いた上条が駆け付ける。
自分はインデックスと一緒にいられる存在では無い、と戸惑う風斬に上条は「ただ友達を助けに来ただけだ」と告げる。
この世界にはまだまだ救いがあり、風斬の居場所も簡単に壊れはしない、と――。上条は警備員（アンチスキル）たちと協力して、シェリーのゴーレムを撃退しようと試みる。
一斉射撃の隙をついてゴーレムの懐に飛び込み、術者であるシェリー自身に攻撃をかける上条。
しかし、成功したかに見えたその決死の一撃は、シェリーは奥の手によって阻まれてしまう。
一方、先に脱出したインデックスと美琴は――。
第24話「虚数学区・五行機関」
あらすじ
上条、風斬を仕留めそこなったシェリーは、インデックスにその矛先を向けた。
上条、風斬はそれぞれの想いを胸に、インデックスを助けるべく行動を開始する。
地下鉄構内でシェリーと対峙した上条は、彼女の口から戦う理由を聞かされる。
応えた上条の言葉に激昂したシェリーは容赦ない攻撃を浴びせるも、インデックスの言葉をヒントに、なんとか彼女の攻撃を回避する上条。
本当は自分の気持ちに気づいているはず。
自らの信念すら信じられずに苦悩するシェリーに、上条の右拳が突き刺さる。
一方、「強制詠唱（スペルインターセプト）」によってかろうじてゴーレムの攻撃をかわしていたインデックス。
しかし、ついに追い詰められ、巨大な拳が目の前に迫ったその時、風斬が現れ――。
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